Mimo odblokowania finansowania programu wymiany starych pieców, wielu wnioskujących musi czekać na decyzje przez miesiące. Robert Gajda, zastępca prezesa zarządu Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (NFOŚiGW), zapowiada jednak zmiany mające na celu przyspieszenie procesu. Niektóre wojewódzkie fundusze ochrony środowiska i gospodarki wodnej zamierzają zwiększyć liczbę pracowników obsługujących wnioski, a NFOŚiGW planuje wdrożenie ujednoliconej umowy wykonawczej.
Głównym celem tych zmian jest odciążenie osób rozpatrujących wnioski z konieczności skupiania się na szczegółach każdego paragrafu dokumentu, a skierowanie ich uwagi na kluczowe informacje zawarte w treści. Choć nie we wszystkich województwach występują opóźnienia, w niektórych miejscach nadal trwają prace nad wnioskami złożonymi jeszcze w październiku lub listopadzie poprzedniego roku.
Problem z opóźnieniami wynika m.in. z braku finansowania programu w 2023 roku, co spowodowało zawieszenie rozpatrywania wniosków przez fundusze wojewódzkie. W rezultacie zgromadziło się dużo nierozpatrzonych dokumentów, na decyzje w sprawie których oczekiwano kwoty wynoszącej 2,06 mld zł. Mimo zwiększonej ilości wniosków, nie nastąpiło proporcjonalne zwiększenie zasobów ludzkich do ich obsługi. Tym samym, co tydzień otrzymywanych jest ponad 6 tysięcy nowych wniosków.
Za początek roku, zaufanie do programu „Czyste Powietrze” zostało zachwiane opóźnieniami w wypłatach dofinansowania dla beneficjentów. Przyczyną tych trudności była przyjmowanie wniosków w pierwszej połowie 2023 r., mimo braku środków finansowych spowodowanego blokadą funduszy z Krajowego Planu Odbudowy. Krzysztof Bolesta, wiceminister klimatu i środowiska uspokaja jednak, że obecnie program nie boryka się z problemami finansowymi. Problemy pojawiają się natomiast ze względu na duże obciążenie niektórych wojewódzkich funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej dużą liczbą wniosków do przerobienia.